Juan Luis Guerra Seijas nació en Santo Domingo, República Dominicana, el 7 de junio de 1957, es hijo del basquetbolista Gilberto Guerra y de Olga Seijas (ambos fallecidos). En sus años infantiles, Guerra solía animar las veladas escolares como cantante, con canciones sentimentales. Al concluir el bachillerato, cursa durante un año Filosofía y Literatura en la Universidad Autónoma de Santo Domingo, luego decide que la música es su vocación y se cambia al Conservatorio Nacional de Música donde terminó sus estudios. Guerra era un gran admirador en ese momento de Los Beatles. 'Casa de Teatro', el punto de expresión artístico de la juventud capitaleña de ese entonces, se convirtió en el primer espacio donde Juan Luis Guerra se presentó como cantautor.

Al concluir sus estudios en el Conservatorio de Santo Domingo, Guerra decide estudiar composición y arreglos en el Berklee College of Music en Boston, Estados Unidos. A este viaje se iba con muchas expectativas y una carta que, a petición de una amiga, debía entregar a la estudiante de diseño Nora Vega, quien se convirtió después en su esposa e inspiradora de sus temas. La pareja tiene 2 hijos, Jean Gabriel Guerra y Paulina Guerra.